microRNAmatrix, la trama y el desenlace
Tags: ADN, cultura científica, genética, metáforas, microRNA, miRNA, ordenadores, reguladores, RNA
29 ago 2012 Eva Alloza 19 Comments
A veces a los bioinformáticos nos pasa una cosa que… Me da reparo contarlo pero necesito compartirlo para saber si estoy loca. Hay momentos en los que sólo te dedicas a programar un pequeño trozo de código, pero los días pasan y no logras acabar de perfilarlo, entonces le das vueltas y más vueltas hasta que entras en trance y de repente te encuentras en una realidad paralela, sí, exactamente, tipo Matrix! Desde que se publicó la secuenciación del genoma humano la simulación colectiva a la que me conecto, aunque son pocos sus diminutos personajes, ha creado gran expectación. Es a través de mi microRNAmatrix que soy capaz de entrar y ver todo lo que hacen los microRNA, unas cadenas de RNA de 22 nucleótidos, dentro de la célula.
Todos hemos oído hablar del código genético y de que el DNA es como un libro escrito con cuatro letras. Ya en este tiempo hemos tenido que aclarar que el DNA basura no tiene nada de prescindible y pronto el RNA atraerá todos los focos de la escena, vaticino que emergerá como un personaje clave para entender nuestra historia.
He pasado por diferentes niveles de profundidad en microRNAmatrix. En un inicio pensaba en un microRNA como un mero esparadrapo que no permite hablar a los genes. Me dijeron que silencian la su expresión bloqueando el paso intermedio que lleva a su traducción a proteína; pues eso, esparadrapos para la boca del gen. A mis amigos los microRNA los suelen llamar los maestros de la regulación y a mí me acabaron de robar el corazón cuando leí que eran pequeñas estrellas en la galaxia genómica.
En microRNAmatrix se suceden historias de amor y violencia extrema, algo así como una película repleta de giros dramáticos. Planteando una gran reducción de la trama presentaré tan sólo a cuatro personajes. El primero es el gen, incrustado en el DNA tiene el poder de albergar información cifrada indestructible, con permiso de las señoras mutaciones. Para que ese mensaje pueda ser efectivo el gen necesita de un actor que haga de mensajero, el llamado mRNA, que portará la información en un segundo código. Éste se traducirá y materializará finalmente en el tercer carácter, la diva proteína, que hará la función final dando el do de pecho. Pero en toda situación hay contratiempos, eso pasa cuando aparece en escena el cuarto protagonista que puede hacer que esa acción se frustre, esta vez encarnado por el microRNA. Tengo debilidad por los chicos malos.
La trama empieza en una situación cotidiana: el gen se transcribe a mensajero y éste a su vez se traduce a proteína. Suena el verso “mi mano en tu cintura, copiando a tu mano en la cintura mía” y es así como el microRNA, cual femme fatal, aparentando amor intenta camelarse al mensajero. Destruir el gen sería demasiado peligroso e irreversible así que parece mejor solución matar o dejar fuera de combate al mensajero que porta la información cifrada. Entre microRNA y mRNA empieza un danza asesina en la que la complementariedad es crucial. Cuando son exactamente complementarios la atracción es letal y el dúplex que forman provoca la destrucción del mensajero; contrariamente, si la pareja no es complementaria del todo, ese mensajero aún puede suplicar clemencia por su vida, aunque no le sirva de mucho. Menos mal que entre los animales la complementariedad no suele ser perfecta porque si no ya se nos hubiera acabado la película. Es en este momento de súplica cuando las mentes más psicópatas podrían crear todo tipo de historias, y siempre acertarían pues se han descrito hasta nueve métodos de acción de los microRNA para inhibir la expresión de proteínas. microRNAmatrix es un vergel de tramas policíacas bañadas en terror psicológico y, todo para mantener la expresión de ciertos genes a raya: a veces porque no es el momento que hablen, otras porque no es el lugar adecuado. El microRNA debe deshacerse del mensajero y toda prueba que pudiera inculparlo. A parte del psicópata que os acabo de presentar el resto de perfiles psicológicos son:
El secuestrador: nacido en Estocolmo el raptor nato se lleva a los mensajeros a una especie de zulos celulares. Allí a veces los degradan u otras los almacenan para regular la cantidad de mensajero presente en la escena.
El destripador: obsesionado porqué le llamen Jack. Mediante la decapitación para que no piense, el corte de la lengua para que no hable, o de las piernas para que no corra, es capaz de, finalmente, provocar la desestabilización y posterior degradación del mensajero.
El vecino aparentemente normal: el del cuarto primera puede dar la falsa impresión de dejar que el mensajero empiece a traducirse pero en realidad la bloquean. Algo así como congelar el mensajero justo cuando va a asociarse con el traductor, llamado ribosoma, para descodificar el mensaje secreto.
El vecino voyeur: subtipo del anterior que opta por dejar que empiece la traducción hasta que el ribosoma duda en la ejecución de su función provocando la interrupción o terminación prematura de la traducción.
El exhibicionista: se pasea de incógnito, con sus gafas de sol, y a medida que la proteína se va produciendo él se abre la gabardina para enseñar sus atributos y degradar la proteína de forma instantánea.
El padrino: no se sabe si italiano o japonés pero suele meterse en todos los fregados. Es capaz de relacionarse con la mafia de la epigenética y generar relaciones a múltiples bandas. De esta manera influye en las marcas epigenéticas o la reorganización de la cromatina para provocar el silenciamiento de los genes o de ellos mismos.
No me podéis negar que los microRNA son adorables. Por favor, decidme que no estoy loca, que a vosotros también os pasa, que también creáis vuestras realidades paralelas para entender vuestra ciencia. ¿Qué mundos ocultos descubrís? ¿Me permitís conectarme a vuestro ScienceMatrix?
También puede interesarte la entrada de Javier ¡Qué es eso de metáfora en la ciencia!
Imagen: microRNA sexy galaxy de WeAreReallySexy
19 comentarios
Maria de la iglesia dice:
29 ago 2012
Estaba esperando esta historia ;). Eva lo has bordado, has conseguido que visualice el concepto y los procesos implícitos en un thriller que te mantiene atento y en tensión párrafo a párrafo. Yo tambien creo en Matrix y algún día hablaremos de ello, ¿pastilla roja o pastilla azul?
Maria
Eva Alloza dice:
1 sep 2012
Pues sí María, vamos a tener que hablar de eso. La verdad es que dentro de Matrix se vive muy bien pero a veces necesitas salir del plano para poder plantearte las cosas. Nos centramos demasiado en lo que estamos haciendo y perdemos el mundo de vista. Otros prismas nos pueden ayudar a seguir en nuestra investigación. Me alegro que te haya gustado la historia y te hayas podido visualizarlo.
Ameba curiosa dice:
29 ago 2012
Superbueno!!!!!
Eva Alloza dice:
1 sep 2012
Muchas gracias Ameba. Por cierto, me gusta mucho tu blog Ameba curiosa porqué hasta a los mismísimos científicos hay cosas que no las tenemos muy claras 😉 Tus dibujitos son muy alegres!!
César de la Cal dice:
30 ago 2012
Genial! y yo que no conocía la intriga que tenemos en nuestro universo increíble de nuestro cuerpo 😉
Gracias por hacer sencillo lo complicado, eso indica el alto conocimiento que dispones. Ahora gracias a este aporte, llego a entender mucho mejor dichos procesos.
Seguiré atento a tus próximas publicaciones y otra vez gracias!
César
Eva Alloza dice:
1 sep 2012
César, la intriga y la pasión reside en todos los procesos de la naturaleza, macro y microscópica. Muchísimas gracias por tu comentario y espero poder seguir desvelándoos algunos de los misterios que nos determinan. No hay más que encontrar una buena metáfora para que nuestra imaginación fluya y todo sea más fácil de entender. Un besito!!
Antonio_LG dice:
30 ago 2012
Me he quedado flipando. Jamás pensé que una realidad tan abstracta (para mi y para el común de los mortales) como la microbiología podría describirse de una manera tan simple y simpática. Enhorabuena por tu artículo. Te has ganado un seguidor!
Eva Alloza dice:
1 sep 2012
Bienvenido Antonio, agradecemos todas las visitas pero las de Italia nos encantan y más ahora que tenemos un Pirata exiliado allí en Firenze. Me reconforta ver tu entusiasmo y espero que aumente con las reflexiones que vamos publicando cada semana des del barco Pirata, al abordaje!!
Antonio_LG dice:
1 sep 2012
Tenéis un pirata en Firenze?? Yo vivo allí precisamente (aunque ahora estoy de vacaciones en Granada). Sería un placer conocerlo. Yo estoy terminando el doctorado de arqueología (aunque no tiene mucho que ver con el RNA), pero el interés por la ciencia lo tengo desde que nací :). un saludo
Eva Alloza dice:
1 sep 2012
Guillermo es físico, metido en la nanotecnología y los nuevos materiales, y estará por ahí hasta finales de año. Puedes leer sus entradas en https://blog.piratasdelaciencia.org/author/guillermo/
Dr. Litos (@DrLitos) dice:
4 sep 2012
¡Asombroso! Es un mundo fascinante y emocionante, sin duda. Hay material de sobra para hacer una saga épica. Bravo por plasmarlo de manera tan amena y concisa.
Me he sentido muy identificado, porque de todos los géneros utilizados en mis escritos para intentar hablar de ciencia de forma divertida, el género negro con femmes fatales, mafiosos e intrigas fue siempre el pionero: ¿no conoces mis historias de» Batablanca»? ¡Tienes que leerlas, te encantarán! Luego te pasaré un enlace para no espamear en el blog.
Estoy totalmente de acuerdo, y de hecho es el objetivo y núcleo de mi propio blog, en utilizar estas realidades paralelas y echar mano de la cultura popular para mezclarla con la ciencia pura. Una herramienta muy útil, sin duda..
Eva Alloza dice:
5 sep 2012
Como puedes imaginar en esta pequeña historia no hay ni una mínima parte de todo lo que sabemos y me da pena porqué los he dejado como los malos de la película pero en realidad los microRNA son muy buenos, de hecho son los que llevan la voz cantante en la regulación. El problema viene cuando se desregulan, por exceso o defecto.
El género permite acercar al lector y atraerlo. Que sin darse cuenta se adentre en un mundo al que no se hubiera acercarlo y si consigues que le genera más preguntas e inquietudes entonces bingo! Luchemos por eso, para que la ciencia pueda estar presente en todos los ámbitos y que, a modo de inception, un día no se den cuenta y la sociedad tenga incluida de serie la ciencia en su mente.
Dr. Litos, gracias por pasarte y hacernos pensar. Reflexionar nos ayuda a seguir adelante!
Andrea dice:
4 sep 2012
Soy una estudiante de Biología en Santiago de Compostela, te seguí en twitter a través de tus comentarios de la larva ferrugínea del CSIC y me alegro por que es un gustazo encontrar textos como estos para amenizar el estudio de la genética 🙂 espero leer mucho más de estos a menudo 🙂
Eva Alloza dice:
5 sep 2012
Hola Andrea, bienvenida a la apuesta ecléctica de Piratas!! Este verano el CSIC presentó la reproducción en cautividad de la lapa en extinción. Fue muy interesante, y no ha sido hasta este artículo que me di cuenta que ese avance lo habían hecho en el Instituto de Acuicultura de Torre de la Sal (Castellón). Un centro del CSIC cercano a Valencia y del que precisamente conocí un chico en mis cursos de doctorado. Te animo a que sigas leyendo textos no académicos sobre biología, genética y toda la ciencia en general, te abrirá la mente y las expectativas. Esperamos seguir viendo por aquí!!
Muuuuuuuuuuuubien, Daisy! | Ameba Curiosa dice:
4 oct 2012
[…] si quieres saber más de apasionante mundo de los microRNA no dudes en ver la entrada de Eva Alloza en el blog Piratas de la Ciencia. Superbuena!! Share this:TwitterFacebookMenéameMe gusta:Me […]
¡Cumplimos un año! « Blog de piratas de la ciencia dice:
5 jun 2013
[…] de los piratas de la ciencia. Hemos hablado de los encuentros con el “otro”, del maravilloso mundo de los miRNAs, de quién fue el primer artista, te hemos preguntado si compartirías tu genoma, hemos cruzado […]
¿Pueden ser lógicas las células? | Blog de piratas de la ciencia dice:
11 jul 2013
[…] unos oligonucleótidos o dispositivos, como ellos los llaman, que se son capaces de unirse a dos microRNAs, miR-21 y miR-122, liberándose así una molécula fluorescente que podemos […]
O. dice:
15 dic 2014
La verdad es que es sublime ! Ese padrino habrá que seguirlo de cerca, si es capaz de hacer bailar a la mismísima cromatina…
Eva Alloza dice:
24 dic 2014
Gracias O. …malos malosos por todos lados. La complejidad que llevamos dentro está siendo difícil de desenmarañar, pero lo conseguiremos y por el camino nos lo pasaremos de rechupete!