De vegades als bioinformàtics ens passa una cosa que… Em fa cosa explicar-ho però necessito compartir-ho per saber si estic boja. Hi ha moments en els quals només et dediques a programar un petit tros de codi, però els dies passen i no aconsegueixes acabar de perfilar-ho, llavors li dónes voltes i més voltes fins que entres en trànsit i de sobte et trobes en una realitat paral·lela, sí, exactament, tipus Matrix! Des que es va publicar la seqüenciació del genoma humà la simulació col·lectiva a la qual em connecto, encara que són pocs els seus diminuts personatges, ha creat gran expectació. És a través del meu microRNAmatrix que sóc capaç d’entrar i veure tot el que fan els microRNA, unes cadenes de RNA de 22 nucleòtids, dins de la cèl·lula.

Tots hem sentit parlar del codi genètic i que el DNA és com un llibre escrit amb quatre lletres. Ja en aquest temps hem hagut d’aclarir que el DNA escombraria no té gens de prescindible i aviat el RNA atraurà tots els focus de l’escena, vaticino que emergirà com un personatge clau per entendre la nostra història.

He passat per diferents nivells de profunditat en microRNAmatrix. En un inici pensava en un microRNA com una mena d’esparadrap que no permet parlar als gens. Em van dir que silencien la la seva expressió bloquejant el pas intermedi que porta a la seva traducció a proteïna; doncs això, esparadraps per a la boca del gen. Als meus amics els microRNA els solen cridar els mestres de la regulació i a mi em van acabar de robar el cor quan vaig llegir que eren petits estels en la galàxia genòmica.

A microRNAmatrix se succeeixen un seguit d’històries d’amor i violència extrema, semblant a una pel·lícula farcida de girs dramàtics. Plantejant una gran reducció de la trama presentaré tan sols a quatre personatges. El primer és el gen, incrustat en el DNA té el poder d’albergar informació xifrada indestructible, amb permís de les senyores mutacions. Perquè aquest missatge pugui ser efectiu el gen necessita d’un actor que faci de missatger, l’anomenat mRNA, que portarà la informació en un segon codi. Aquest es traduirà i materialitzarà finalment en el tercer caràcter, la diva proteïna, que farà la funció final donant el do de pit. Però en tota situació hi ha contratemps, això passa quan apareix en escena el quart protagonista que pot fer que aquesta acció quedi frustrada, aquest cop encarnat pel microRNA. Tinc debilitat pels nois dolents.

La trama comença en una situació quotidiana: el gen es transcriu a missatger i aquest al seu torn es tradueix a proteïna. Sona el vers “mi mano en tu cintura, copiando a tu mano en la cintura mía” i és així com el microRNA, com a femme fatal, aparentant amor intenta fer-li la gara-gara al missatger. Destruir el gen seria massa perillós i irreversible així que sembla millor solució matar o deixar fora de combat al missatger que porta la informació xifrada. Entre microRNA i mRNA comença un dansa assassina en la qual la complementarietat és crucial. Quan són exactament complementaris l’atracció és letal i el dúplex que formen provoca la destrucció del missatger; contràriament, si la parella no és complementària del tot, aquest missatger encara pot suplicar clemència per la seva vida, encara que no li serveixi de gaire. Encara sort que entre els animals la complementarietat no sol ser perfecta perquè si no ja se’ns hagués acabat la pel·lícula. És en aquest moment de súplica quan les ments més psicòpates podrien crear tot tipus d’històries, i sempre encertarien, doncs s’han descrit fins a nou mètodes d’acció dels microRNA per inhibir l’expressió de proteïnes. microRNAmatrix és un verger de trames policíaques banyades en terror psicològic i, tot per mantenir a ratlla l’expressió de certs gens: de vegades perquè no és el moment que parlin, unes altres perquè no és el lloc adequat. El microRNA ha de desfer-se del missatger i tota prova que pogués inculpar-lo. A part del psicòpata que us acabo de presentar la resta de perfils psicològics són:

     El segrestador: nascut a Estocolm el raptor nat s’endú als missatgers a una espècie de zulos cel·lulars. Allí de vegades els degraden o unes altres els emmagatzemen per regular la quantitat de missatger present en l’escena.

     L’esbudellador: obsessionat perquè el cridin Jack. Mitjançant la decapitació perquè no pensi, el tall de la llengua perquè no parli, o de les cames perquè no corri, és capaç de, finalment, provocar la desestabilització i posterior degradació del missatger.

     El veí aparentment normal: el del quart primera pot donar la falsa impressió de deixar que el missatger comenci a traduir-se però en realitat la bloquegen. Alguna cosa així com congelar el missatger just quan s’associa amb el traductor, anomenat ribosoma, per descodificar el missatge secret.

     El veí voyeur: subtipus de l’anterior que opta per deixar que comenci la traducció fins que el ribosoma dubta en l’execució de la seva funció provocant la interrupció o terminació prematura de la traducció.

     L’exhibicionista: es passeja d’incògnit, amb les seves ulleres de sol, i a mesura que la proteïna es va produint ell s’obre la gavardina per ensenyar els seus atributs i degradar la proteïna de forma instantània.

     El padrí: no se sap si italià o japonès però sol ficar-se en tots els embolics. És capaç de relacionar-se amb la màfia de l’epigenètica i generar relacions a múltiples bandes. D’aquesta manera influeix en les marques epigenètiques o la reorganització de la cromatina per provocar el silenciament dels gens o d’ells mateixos.

No em podeu negar que els microRNA són adorables. Si us plau, digueu-me que no estic boja, que a vosaltres també us passa, que també cregueu les vostres realitats paral·leles per entendre la vostra ciència. Quins mons ocults descobriu? Em permeteu connectar-me al vostre ScienceMatrix?

 

 

També pot interessar-te l’entrada de Javier ¡Qué es eso de metáfora en la ciencia!

Imatge: microRNA sexy galaxy de WeAreReallySexy